1、办公室

2、政治部

3、政策法规处

4、综合规划处

5、港口建设处

6、航道建设处

7、港政航政处

8、财务处

9、监察审计处(纪委)

10、科技教育处

11、船舶检验管理处

12、水域安全监督处